發(fā)酵工程是指采用現(xiàn)代工程技術手段，利用微生物的某些特定功能,為人類生產有用的產品，或直接把微生物應用于工業(yè)生產過程的一種新技術。

發(fā)酵工程的內容包括菌種選育、培養(yǎng)基的配置、滅菌、種子擴大培養(yǎng)和接種、發(fā)酵過程和產品的分離提純（生物分離工程）等方面。

發(fā)酵工程的應用：

發(fā)酵工程以其生產條件溫和，原料來源豐富且價格低廉，產物專一，廢棄物對環(huán)境污染小和容易處理等特點，而在醫(yī)藥工業(yè)、食品工業(yè)、農業(yè)、冶金工業(yè)、環(huán)境保護等許多領域得到了廣泛的應用，逐步形成了規(guī)模龐大的發(fā)酵工業(yè)。

• 在醫(yī)藥工業(yè)上的應用
  發(fā)酵工程在醫(yī)藥工業(yè)上的應用，成效十分顯著，生產出了如抗生素、維生素、動物激素、藥用氨基酸、核苷酸等。目前，常用的抗生素已達100多種，如青霉素類、頭孢菌素類、紅霉素類和四環(huán)素類。另應用發(fā)酵工程大量生產的基因工程藥品有人生長激素、重組乙肝疫苗、某些種類的單克隆抗體、白細胞介素-2、抗血友病因子等。
  

• 在食品工業(yè)上的應用
  發(fā)酵工程在食品工業(yè)上的應用十分廣泛，主要包括：
  第一、生產傳統(tǒng)的發(fā)酵產品，如啤酒、果酒、食醋等，使產品的質量和產量得到明顯提高。
  第二、生產食品添加劑。如L-蘋果酸、檸檬酸、谷氨酸、紅曲素、高果糖漿等。
  第三、單細胞蛋白的生產。

• 在農業(yè)上的應用
  微生物工程技術和產品為農業(yè)的發(fā)展提供了有利的支持，主要包括：生物農藥（微生物殺蟲劑、防治植物病害微生物）、生物除草劑、生物增產劑、食用菌。
  
  

• 在輕工業(yè)上的應用
  由微生物生產出許多種可用于輕工業(yè)加工的酶，主要類型如下：
  糖酶：α-淀粉酶、半乳糖酶、纖維素酶類等
  蛋白酶：堿性蛋白酶（用于洗滌劑、膠片銀的回收、啤酒去濁）、酸性蛋白酶 （用于飲料、食品的冷藏、制作蛋白水解酶）、中性蛋白酶。